L’étude de notre microbiote intestinal remonte au début du 20ème siècle.
Alors que Pasteur s’est intéressé aux bactéries pathogènes, l’un de ses élèves, Elie Metchnikov, décide quelques années plus tard d’étudier les propriétés des bactéries présentes dans nos intestins. Il met ainsi en évidence les effets bénéfiques des ferments lactiques (apportés par les laits fermentés et les yaourts) sur cette flore et sur notre organisme en général.
Suite à ces travaux, il évoque l’idée que ces bactéries, loin d’être pathogènes, jouent sans doute un rôle essentiel à notre bien-être.
Petit à petit, les différentes études portant sur ces bactéries vont prouver qu’elles interviennent à divers niveaux sur notre organisme en particulier, l’assimilation de vitamines et nutriments mais aussi l’immunité.
Dans les années 1990, la mise en évidence de notre « deuxième cerveau » (il existe dans la paroi intestinale tout un ensemble de fibres nerveuses, constituant le système nerveux entérique, en relation continuelle avec le système nerveux central : c’est ce que l’on nomme le « deuxième cerveau ») au niveau intestinal, va conforter l’hypothèse que cette flore intestinale joue un rôle bien plus important encore.
Grâce aux progrès de la science et aux techniques de séquençage à haut débit, les scientifiques s’attellent à décoder le génome bactérien (étude de l’ensemble des génomes d’un écosystème microbien donné porte le nom de « métagénomique ») de notre microbiote intestinal.
Ils découvrent et analysent alors les propriétés de nombreuses espèces bactériennes jusqu’alors inconnues car,pour la plupart d’entre elles, non cultivables in vitro.
Ce décodage apporte la preuve et l’explication scientifique des rôles déjà connus ou soupçonnés de la flore intestinale dans la digestion, les diverses fonctions métaboliques et les défenses immunitaires.
Mais pas seulement ! Il conduit aussi à deux autres grandes découvertes : non seulement chaque individu a un microbiote qui lui est propre, même s’il existe une certaine répartition constante des espèces bactériennes, sorte de socle commun que l’on retrouve chez tous les individus en bonne santé. Mais surtout, le microbiote de personnes malades est le plus souvent appauvri et faiblement diversifié !
